大内宿では多くの民家が街道に対して妻面の屋根を正面とし、敷地の間口も限定的ですが、本陣のみは敷地間口が広く建物も平側の屋根を正面としています。基本的に本陣には一般庶民が利用する事が出来ず、建物の意匠も厳しく定められていて、一般的な本陣には、身分の高い人物しか利用出来ない、御成御門（表門・大内宿の本陣に門があったのかは不詳。）や式台付の玄関、上段の間などが設置される事が義務付けられました。又、本陣を維持管理するのには莫大な費用が必要な為、各藩の保護を受ける一方で宿場の有力者がその職を歴任しました。大内宿の本陣は既に失われ、図面などの記録も残されていない事からどの様な間取りや外観をしていたのかは不詳ですが、大内宿と同じ会津西街道（下野街道）の宿場町で本陣の遺構が残されている、糸沢宿（福島県南会津郡南会津町糸沢）の阿久津家住宅（国登録有形文化財）と、記録が残されている川島宿の本陣を参考に復元が図られています。建物は木造平屋建て、寄棟（煙り出し付）、茅葺、平入、式台付の玄関に入母屋の玄関屋根、外壁は真壁造り、白漆喰仕上げ、腰壁は下見板張り縦押縁押え、上段の間には床の間、違い棚、書院付、欄間は細格子、その他にも中の間や次の間と呼ばれる座敷や、格式の高い雪隠（便所）や風呂が設置されていました。
間取りは向って右側が所謂「接客空間」で式台付の玄関の正面が中の間（畳敷８帖）、その右隣が次の間（畳敷８帖）、次の間の奥に身分の高い人物が利用する上段の間（畳敷８帖）が配されています。中央部分が本陣職を担った家人の生活空間で囲炉裏付のカッテ、ヘヤ２室、縁側があり何れも板敷となっています。向って左側がニワと呼ばれる作業空間で床は土間、馬屋やダイドコ、物置などが配され、家人の玄関が設けられています。現在は町並み資料館として一般公開され、内部には大内宿の風習や文化、生活用具、資料などが展示されています。
